旷工三天自动离职时，公司必须支付员工已工作期间的工资，无权无故克扣。若员工确旷工三天，且公司规章制度明确将其界定为严重违纪并可解除劳动合同，公司可依法解除，但仍需支付考勤周期内实际工作天数的工资，不能以“自动离职”为由拒付全部工资。若公司仅以“自动离职”为由解除合同且拒付任何工资（含已工作天数工资），此行为违法，员工有权要求支付。若员工旷工给公司造成经济损失，公司可依据《工资支付暂行规定》第十六条从工资中扣除赔偿，但每月扣除部分不得超当月工资20%，且剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
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处理旷工三天自动离职的工资问题时，需注意避免以下错误操作，以免影响维权：
1. 因生气或嫌麻烦放弃索要工资：部分员工因认为旷工理亏或工资数额小而放弃，这会损害合法权益，公司无权无故克扣哪怕少量工资。
2. 采取过激行为维权：如到公司吵闹、破坏财物等，不仅无法解决问题，还可能因违反治安管理承担法律责任，使自己陷入被动。
3. 未及时收集保存证据：若未保留劳动合同、考勤记录等关键证据，协商或维权时可能因无法证明劳动关系和工作天数而难以主张工资。若不确定自身是否存在上述问题，或想高效追回工资，可咨询我为您提供解答。
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处理旷工三天自动离职的工资支付问题，需关注以下特殊情况：
1. 公司规章制度合法有效且已公示：若公司规章制度明确旷工三天属“自动离职”或严重违纪，且制定程序合法（如经民主程序）并已公示告知，公司据此解除合同合法，但不影响支付已工作工资。若规章制度规定了旷工期间工资扣除办法（扣除比例合法），公司可按规定扣减旷工期间工资，支付剩余部分。
2. 员工旷工造成经济损失：依据《工资支付暂行规定》第十六条，员工因自身原因造成公司损失的，公司可按合同约定索赔，赔偿从工资中扣除，但每月扣除部分不超当月工资20%，剩余工资不低于当地最低工资标准。例如，因旷工导致公司合同违约损失1万元，公司扣赔时需遵守上述限制，不能随意扣光工资。
3. 员工旷工有正当理由：若员工因突发重病住院等不可抗力原因旷工三天，即使公司有相关规定，也不能认定为“自动离职”或严重违纪，公司无权扣减工资，需按正常出勤支付。
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旷工三天自动离职后，工资支付存在以下法律风险：
1. 公司拖欠或克扣工资风险：若公司以“自动离职”为由长期拖欠或明确拒付已工作期间工资，违反《劳动法》第五十条“不得克扣或无故拖欠工资”的规定。例如，工作20天后旷工三天，公司拒付20天工资，就面临拖欠工资风险，员工有权通过法律途径追讨。
2. 员工主张工资超仲裁时效风险：劳动争议申请仲裁时效为一年，从知道或应当知道权利被侵害时起算。若公司未支付工资，员工离职后超一年才申请仲裁且无时效中断、中止情形，仲裁请求可能因超时效被驳回。例如，2023年1月离职，公司未支付工资，2024年3月才申请仲裁（无时效中断情形），仲裁委可能驳回请求。

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